Среди особо значимых изданий, хранящихся в Центре — энциклопедии и справочники, книги классиков краеведения Сибири и современных историков; мемуарная проза, воспоминания.
Краеведческий центр хранит более 300 книг с автографами. Коллекция автографов представлена именами новосибирских авторов, писателей-сибиряков, а также изданиями с автографами известных российских писателей: В. Астафьева, В. Золотухина, С. Лукьяненко, А. Проханова, М. Степновой, Т. Толстой.
Раритетные издания профильной тематики ИЦК передает на хранение в ЦРБ им. П. П. Бажова, сектор редкой и ценной книги «Фолиант». Одна из таких книг — альбом Н. П. Литвинова «Город Ново-Николаевск: первое десятилетие», изданный в 1904 году.